La cultura de este pueblo ha sufrido notables cambios en las últimas décadas. Varios de ellos se han producido al generarse un paulatino abandono de la forma de vida itinerante que tradicionalmente mantuvieron. Las comunidades de Pando son las que más se han visto afectadas con estos cambios y en menor medida, ha ocurrido lo mismo con los asentamientos que se encuentran en La Paz.

El abandono de la vida itinerante es una de las repercusiones del trabajo realizado por las misiones evangélicas, con las que los Ese Ejja se han relacionado en los últimos 40 años: el Instituto Lingüístico de Verano y la Misión Evangélica Nuevas Tribus. Ambas instituciones promovieron la creación de comunidades estables concentrando a varios asentamientos que se encontraban dispersos en diferentes lugares de los ríos Madidi, Heath y Beni. Ellos consideraban que la única forma para que este pueblo alcanzara su desarrollo (entendido como la incorporación paulatina a la sociedad nacional) y para que pudieran enfrentar las agresiones de los agentes externos a su medio (especialmente de los gomeros), era necesario que vivan de manera concentrada y estable en comunidades. Forma de vida, que por otro lado, facilitaba la labor evangelizadora, ya que de esa forma, tenían acceso a un mayor número de indígenas.

La vida sedentaria y en comunidades trastocó sobre todo los sistemas de parentesco, así como la organización social y política del grupo. También redujo el acceso a los diversos ecosistemas amazónicos con los que estuvieron tradicionalmente relacionados. Pero los cambios de mayor envergadura que se generaron a la par de la nueva forma de vida que fueron adoptando se encuentran especialmente en los ámbitos de la música, de la danza, de las prácticas religiosas y rituales, en el conocimiento y cultivo de la medicina tradicional. En la actualidad ya no ejecutan ninguna danza, no interpretan ningún canto propio, ni organizan ceremonias de carácter religioso; tampoco mantienen muchos conocimientos de medicina y sólo cuentan con uno o dos curanderos.

Si bien gran parte de los cambios que se han producido en la cultura de los Ese Ejjas, están en directa relación con el trabajo que han desplegado los misioneros, también habría que destacar que dicho trabajo ha permitido que la lengua indígena se preserve e incluso se fortalezca. La totalidad de los miembros de este pueblo se comunican en su propio idioma, cuentan con un alfabeto en el idioma nativo y muchos saben leer y escribir en Esse Ejja.

Religión y Mitología: Los Ese Ejja conciben cuatro dimensiones o planos dentro de lo que es su cosmovisión; correspondiendo la primera dimensión al mundo subterráneo en el que viven personas desconocidas, la segunda dimensión corresponde a nuestro mundo en el que se puede gozar de muchos bienes, mundo que en un principio era una gran masa de agua, donde sólo se podía vivir nadando y navegando, lo que explica las características náuticas del pueblo Ese Ejja. En el tercer plano mora el Dios bueno o Eyacuiñajji de donde también provienen los antepasados de los Esse Ejja y finalmente en el cuarto plano se ubican los cuerpos celestes que son además espíritus que tienen forma de gente.

Actualmente, la presencia de la Iglesia Católica y de la Iglesia Evangélica está influyendo en sus vidas en tanto incursionan en áreas de salud y de educación.

En cuanto a sus mitos, éstos están asociados a cada categoría natural o cultural que los Ese Ejja otorgan; así Edosiquiana, creador de los animales y de las plantas, cumple una función de mediador que busca el equilibrio de la energía entre la humanidad y la naturaleza.