Síntesis Histórica: El padre Lorenzo Legarda, quien dice que los encontró en 1704, en estado de total desnudez, habitando las sabanas, entre los pueblos indígenas Baure y Canichana. Legarda dice que contó 6.000 personas en 26 aldeas. Anteriormente, Chávez Suárez, Gobernador de Santa Cruz, organizó una expedición con vecinos de esa ciudad a través del territorio que estaba ya ocupando los jesuitas (1683), con el objeto de conseguir gente para el servicio de aquellos en sus casa y haciendas, que se realizó hacia los pueblos de los indios Chajahuans o Itonamas, los cuales eran vecinos de los Moxos, con los que tenían pacíficas relaciones.

Tempranamente se fundaron las poblaciones de Magdalena, sobre el río Itonamas; San Joaquín, sobre el río Machupo; Huaracaje, cerca del río Blanco; San Ramón como población intermedia entre San Joaquín y Magdalena; su territorio tradicional también era alrededor de la laguna San Luis y a lo largo del río San Miguel.
Cuando fueron encontrados por los jesuitas, los Itonama eran gente que practicaba alguna agricultura, tocaban inmensas flautas (jabones) y eran hábiles tejedores. También que eran excelentes constructores de embarcaciones y navegantes, así como expertos pescadores. D’ Orbigny ha planteado en efecto que en 1830 eran de las tribus de Moxos, que tenía mayor población. La historia de los Itonama durante el siglo XIX, no es diferente de la de otros pueblos indígenas de la región amazónica, incluyendo las corridas (maloqueos) y devastación de sus comunidades, durante el auge de la goma. Los Itonama también fueron esclavizados y su población sucumbió ante las enfermedades desconocidas que traían los caucheros criollo-mestizos.

Un hecho que da notoriedad a los Itonama en 1887, es que de ese pueblo emergió el gran líder espiritual y político, Andrés Guayocho, el iniciador del movimiento mesiánico de la Guacochería, que se extendió como foco de rebelión por todo Moxos, en reacción ante los abusos de los caucheros y hacendados de la época. Como en la mayoría de los pueblos indígenas de la Amazonía, el abandono y la socapada ignorancia de su existencia, por parte de los gobiernos del Estado, se dio entre los Itonama, hasta el año 1958, cuando el Instituto Lingüístico de Verano (ILV), se hizo presente entre los indígenas Itonama, en las localidades de Magdalena, Huaracaje y Nueva Calama, con la misionera Millicent Liccardi.